O sistema de propulsão é comandado através de rotinas operacionais de software armazenados nos computadores principais da nave espacial. Tal como acontece com os processadores de comando do Sistema de Propulsão de Dobra, (Warp Propulsion Systems - WPS) algoritmos genéticos aprendem e adaptam-se às experiências em curso que envolvem o uso do motor de impulso e fazem as modificações apropriadas automaticamente no tratamento de ambos os comandos, tanto externos e como operacionais.
Comandos de voz e entradas de teclado são confirmados e o programa é atualizado pelo computador principal e, em seguida, entregue ao coordenador de comando do IPS para o encaminhamento aos motores a fim de serem executados. O coordenador de comando IPS é reticulado com sua contraparte nos sistemas de Propulsão de Dobra para transições de voo que envolve a entrada e saída de Dobra. Rotinas específicas do software reagem para evitar um fratricídio (conflitos indesejáveis entre os campos de dobra e campos de motores de impulso) no campo energético.
O coordenador do comando também é reticulado com o Sistema de Controle de Reação (Reaction Control System - RCS) para o controle de translação em todas as velocidades.
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